Posted in Mr. Thursday, Video, 專欄, 神經生物 on Jul 29th, 2008
Posted By Mr. Thursday
石油價格和食品價格不斷上升,能源危機,無論是機器要用的石油、還是生物要用的食物,都慢慢顯現出來,除此之外,二氧化碳產生的溫室效應,也開始在氣候上面表現出來。面對這些危機,我們人類也開始有相對應的措施。太陽能發電,就是一種替代能源的方式,然而在研究太陽能發電之前,我們不妨也來看看,現在已經存在的太陽能發電,在生物上的模型,也就是植物的「葉綠體」了!葉綠體 (chloroplast) 是植物裡面負責將陽光,轉換成食物的地方。您看!自然界多麼巧妙!二氧化碳太多嗎?植物光合作用正需要它!能源危機嗎?植物的光合作用正是要產生糖類,之後無論是要當成食物、還是生質柴油 (diesel fuel),都可以!唯一需要的,就是陽光、二氧化碳、和水,產出除了食物、水、還有呼吸需要的氧氣呢!這實在是太美好啦!就讓我們先來看看,葉綠體裡面是什麼樣子的作用,可以成為這麼好的太陽能發電廠呢?
圖1 光合作用流程圖
上面這張圖可以看到,光合作用需要二氧化碳 (CO2) 和 水(H2O),下面則是有氧氣 (O2) 和 蔗糖 (sucrose) 。當然啦,還有最重要的太陽光在左上角。光合作用整個分成兩大部分,左手邊負責把太陽光的能量,轉換成電子的動能,用來產生細胞的能量貨幣 ATP ,右手邊則是把產生出來的 ATP 用來驅動右手邊的加爾文循環 (Calvin Cycle) ,產生蔗糖。如果讀者不大了解 ATP 是什麼,可以把ATP想像成細胞裡面傳遞能量的一種物質,就好像我們平常買賣會用錢幣或紙鈔一樣,ATP 就是一種細胞交易能量的貨幣。
圖2 葉綠體
接著,讓我們看看葉綠體的結構,葉綠體如上圖所示,裡面有許多綠色圓柱,是由一片一片類囊體 (thylakoid) 疊起來的。類囊體 (thylakoid) 和粒線體一樣,有內外兩層細胞膜。在粒線體: 細胞的發電機裡面我們曾經介紹動物把吃進去的食物,怎樣子透過粒線體,轉換成細胞交換能量的貨幣單位ATP,其中粒線體也是一個具有內外兩層細胞膜的胞器。
下面這張圖則是顯示葉綠體,在葉子裡面的哪個地方。左上角是葉子,右下角就是葉綠體。
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Posted in Mr. Thursday, Research, Video, 大腦, 專欄, 神經生物, 網路新聞, 電腦科學 on Jul 23rd, 2008
Posted By Mr. Thursday
由匹茲堡大學 (University of Pittsburgh) 和卡內基美隆大學 (Carnegie Mellon University) 的研究團隊所做的研究,把電極插到猴子的頭腦裡面,接著用電腦分析讀取電極傳出來的大腦訊號,轉換成機械手臂移動的指令,猴子便能夠用「想」的,移動機械手臂來自行拿取食物來吃。讓我們先看一下 DEMO 的影片。
這個研究如果將來技術成熟之後,可以應用在一些癱瘓病人身上。他們大腦裡面負責運動的區域可能還是好的,但是運動的肢體像是手臂等等,可能已經無法使用,這個時候就可以用機械手臂來取代,並且透過電及和電腦分析,讓使用者可以用意念,來指揮機械手臂。
目前比較困難的是,研究人員發現插進大腦的電極 (electrode) 在幾個月之後就會無法使用,因此這部分還有待突破。然而大腦運動區域訊號的分析,則是已經有顯著進展,只要先有一小段訓練時間,電腦就可以慢慢了解猴子移動手臂往上、往下、往前、往後、往左、往右、開始、停等訊號。
此外,我個人的觀察是,首先,因為運動神經在腦幹 (brain stem) 的區域會左右交換,因此影片中猴子右手一邊在動,但是我猜他們放置電極的地方可能是左腦的運動區。其次,運動訊號主要就是從大腦的主要運動皮質 (primary motor cortex) 區域裡面,負責手臂運動的地方的訊號來分析。不過不知道如果加上小腦 (cerebellum) 的訊號,會不會讓效果更好?因為小腦主要就是對運動進行微調,負責無意識的運動調節學習 (adapt)。
大腦的運動區域對身體的分佈,可以參考大腦一日遊裡面的這一張圖的說明:
左邊是主要感覺區的分佈,右邊是主要運動區 (primary motor cortex) 的分佈,臉部無論是感覺或是運動,都佔了很大的比例,代表對臉部的感覺和運動很細膩,需要比較大的區域來處理或產生訊號。另外,皮質區 (cortex) 是有意識的資訊的處理,訊號離開大腦後,會延著腦幹,往脊隨 (spinal cord) 的方向傳遞,中間會經過小腦,也會隨著訊息的目的地在不同的地方左右互換,這部分滿複雜,可能要重新複習一下課本才會記得,有興趣的讀者在繼續深究這一部分吧!
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Posted in Google, Mr. Thursday, Video, 網路新聞, 資訊視覺化 on Jul 13th, 2008
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Google Earth現在可以觀賞迪士尼樂園 (Disney World) 的3D影像了。上面就是一部 DEMO 的影片。石油價格越來越高,機票越來越貴,沒辦法實體到迪士尼樂園玩,也可以先在 3D 虛擬世界裡面身歷其境一番,也是不錯的經驗!
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Posted in Mr. Thursday, Video on Jul 8th, 2008
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在網路上看到一段教學影片,探討了一些投影片常見的錯誤,和大家分享,是一部5分鐘的短片,演講者也滿有趣的,影片有中文字幕。
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Posted By Mr. Thursday
有一家專門製作生醫動畫的公司 Hybrid Medical Animation 在2007年的時候贏得了 Aurora Awards。他們把各種醫學微觀現象作成電腦動畫,像是血管內的動畫、藥物殺死癌細胞的動畫、或是細胞分裂過程的動畫。動畫非常精美,也生動地描述了顯微鏡底下才看得到的各種細胞活動情形。下面就挑選幾個給各位先觀賞,有興趣的可以在他們的網頁觀賞更高畫質的 FLASH 影片。
第一部是贏得白金獎的影片(1分30秒)。
內容敘述一種藥物 Rexin-G,可以穿透癌細胞,並且攜帶特製的基因進入癌細胞,讓癌細胞啟動自我消滅的迴路 (Programmed Cell Death)。
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Posted in Mr. Thursday, Research, 大腦, 專欄, 數學, 神經生物, 電腦科學 on Jun 20th, 2008
Posted By Mr. Thursday
在本體論: 讓舉一反三變得可能裡面提到了機器在規則上面的學習,本體論 (ontology)是一件重要的事情,因為有了ontology,機器可以舉一反三,一件事情學習一次,可以以此類推到其他相同性質的事情上面,就如同我們第一堂數學課,學過了一顆蘋果加上一顆蘋果等於兩顆蘋果,考試的時候問一顆橘子加上一顆橘子等於幾顆橘子,我們知道是兩顆橘子,因為我們學到的是一個抽象後的規則: 1 + 1 = 2 ,不會因為蘋果換成橘子,就無法變通。
早期的人工智慧系統,是從邏輯出發,把外在的世界,轉換成一句一句的邏輯規則。或許我們會想問,為甚麼要用邏輯來表示外在世界呢?我們的大腦是用邏輯來處理事情嗎?首先,邏輯 (logic) 可以保證 sound and complete。甚麼又是 sound and complete呢?或許西方的法院裡面,證人作證之前,會先發誓說:I will tell the truth, the whole truth, nothing but the truth. (我會說實話,全部的真話,除了真話以外的都不說。) 因此 complete (完備) 就像是裡面所說的,「全部」的真話,不是部份的真話。sound (可靠) 就像是證人說的,「真話以外」都不說。因此我們如果使用邏輯內在表示法,來表示外在的真實世界,我們進行推理的時候,就不會推理出不會發生的事情。然而真實世界非常複雜,一滴雨滴從天上掉下來,中間溫度的變化,空氣摩擦力,地心引力,旁邊的雨滴,有許多的因素 (factor) 可以影響最後雨滴的位置。我們如果要用邏輯推理,前提的部分可能就要考慮所有可能的因素,才能保證我們用邏輯寫下來的規則,是真實的。
近代人工智慧系統,則是用機率表示法,加上統計對觀察資料的處理,來表示外在的世界。機率不會保證一個規則的sound and complete,但是會給這個規則一個機率值。如果機率值是0.7,代表說如果用了這個規則,100次裡面會有70次正確。或是說,如果有100次機會,70次用這個規則,會有最好的結果。再舉一個例子來說,今天我的手對著一把刀片揮下去,會被砍出一個傷口。我們就學一個規則:比手硬的東西,揮下去會受傷。但是一片硬的牆壁,手揮下去卻又沒有傷口,我們只好修改一下邏輯規則:比手硬,又尖尖的東西,揮下去會受傷。可是一堆沙堆出來一個刀片形狀,手揮下去,是沙堆破掉手沒有事情。因此對於邏輯系統來說,總是會一直出現「例外」,前提必須要不斷修改,才能保證整個規則的真實性。機率表示法來說,就是把例外當成可能發生的事情,「比手硬的東西,揮下去會受傷」的機率是0.8等等,剩下0.2的機率就是那些例外。不過機率也不全然是隨便給定,沒有真實的參考價值,也是要滿足一些基本條件,像是所有事件的機率加起來等於1等限制,因此可以證明如果照著算出來的機率值來行動,可以得到最好的期望值。
但是,除了邏輯和機率這兩種內在表示法,是否就沒有其他表示法,可以保證推理結果的真實性,又能夠處理真實世界複雜的各種因果關係,讓我們繼續活下去呢?或是說,怎樣子讓電腦計算機,可以像人類一樣,舉一反三,能夠化整為零,察覺到最細微的關鍵變化,又能夠「見樹又見林」,知道各個部分之間的關聯性,對整個全局 (big picture) 能夠有所了解呢?在這邊我想提出一個想法,就是「化整為零」。
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Posted in Mr. Thursday, Research, 專欄, 數學, 電腦科學 on Jun 16th, 2008
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子曰:「舉一隅不以三隅反,則不復也。」所謂舉一反三,就是可以靈活應用已經學過的規則,在新的情況上面。譬如說,第一堂數學課,可能會教到一顆蘋果加上一顆蘋果,等於兩顆蘋果,但是考試的時候問到,一顆橘子加上一顆橘子,等於幾顆橘子?這個時候我們不會因為蘋果變成橘子,就忘記後面一個抽象化的規則:1 + 1 = 2 。因此,舉一反三就是能夠把經驗歸納成一個規則來表示,但是這個規則是一條具有彈性的規則,可以在適當的情況下拿出來應用,即使現在面對的情況和過去遇到的經驗有些微不同,譬如說蘋果變成橘子,但是我們可以把經驗抽象萃取出來的規則,靈活運用在新的情況上面,因此一顆橘子加一顆橘子,就如同一顆蘋果加上一顆蘋果一樣,答案是兩顆橘子。
對於人類來說,舉一反三在某些領域,人類表現得不錯,然而電腦計算機來說,舉一反三仍舊是人工智慧的一個瓶頸,主要的問題,我想本體論的學習與維持,是其中一環。接下來我就分別就「規則」、「本體論」,分別介紹和討論,一起探討如果要讓計算機和人一樣,可以舉一反三,有哪些困難,又有哪些可能的解決方法?
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Posted in Mr. Thursday, Research, 大腦, 專欄, 數學, 神經生物, 電腦科學 on Jun 6th, 2008
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我們的大腦複雜無比,裡面的神經網路錯綜複雜,也因此讓我們能夠表現智慧的行為。現今一些人工智慧 (AI: Artificial Intelligence) 的問題,或許可以透過參考人腦的神經網路,來設計一個可以處理視覺、聽覺、文字等資訊的人工智慧系統。除此之外,如果還能夠像人類一樣,能夠自我調整、自我學習,儘量減少人類對系統直接的調整,是最好的了。然而人腦的神經網路,又是如何自我學習、自我調整呢?今天就先和各位分享神經網路調整的兩種方法:海扁學習和STDP,並且另外介紹神經網路同步化 (synchronized)和同多步 (polychrnous)的模型,進一步探討可能的神經網路模式,或許對人工智慧自我學習的方法上,也能提供一些參考!
Hebbian Learning
Donald O. Hebb (1904 – 1985) 是一位神經心理學家 (圖1 Donald O. Hebb),他對神經網路最重要的一個貢獻,就是 Hebbian Learning ,在這邊我就暫且先翻譯成 海扁學習法。甚麼是海扁學習法呢?海扁學習是在學習甚麼東西呢?首先,讓我們先回憶一下,我們的大腦裡面,是由許許多多的神經元 (neuron) 所組成,神經元和神經元之間,有著連結,叫做神經鍵結 (synapse)。神經元和神經鍵結整個形成一個網路,可以讓神經訊號到處傳遞,就稱為一個神經網路 (neural network)。
我們外在的行為,就是因為神經網路接受了刺激,處理之後產生了反應。然而從刺激到反應之間訊號如何被處理、被轉換,讓我們的行為表現出有智慧的樣子呢?這就牽涉到神經元之間的連結了,因為某些神經元之間連結弱一點,某些神經元之間的連結強一點,我們就可以針對不同的刺激,產生不同的反應,進而表現出智慧的行為。如果我們再縮小範圍來看整個網路裡面的某兩個神經元,接著我們就要問,這兩個神經元之間的連結強度,要怎樣子變強變弱呢?Hebb就針對這個部分提出他的假設,後來也經由許多實驗資料證實,成為海扁學習法了。
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Posted in Mr. Thursday, Research, Video, 網路新聞 on Jun 4th, 2008
Posted By Mr. Thursday
不知道各位是否常常到Pubmed瀏覽論文paper,然後一篇一篇點選進去,再點選連結,再轉到期刊網站,才有一個PDF下載連結呢?現在 Pubget 這個網站,提供使用者Pubmed類似的查詢介面,但是特別的地方再於當你得到查詢結果的時候,連結點下去馬上就會出現論文PDF,不必再像以前慢慢點好多次才能下載paper,實在方便了不少。不過 Pubget 對於付費的期刊也是需要訂閱才找得到,因此如果所屬的研究機構沒有訂閱Pubget也沒關係,可以先看看下面這段DEMO望梅止渴一下!
參考資料
(Alt Search Engines) Pubget – Search for PDF’s without the hassle
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Posted in Mr. Thursday, Research, Video, 網路新聞, 資訊視覺化, 電腦科學, 音樂 on May 25th, 2008
Posted By Mr. Thursday
圖1 Melodyne聲音編輯軟體
喜歡創作音樂、編輯音樂的朋友有福啦!由Celemony Software公司的 Neubäcker 製作了一套軟體稱為 Melodyne,可以提供比一般音樂編輯軟體更為細膩的編輯方式。一般的音樂編輯軟體可以提供一些音效上的編輯,譬如說速度的變快變慢,譬如說音高的變高變低,譬如說聲音大小變大聲變小聲等等。然而目前這些軟體都是針對「整首曲子」來編輯,也就是說,是整首曲子節奏一起變快變慢,整首曲子音高一起變高變低,整首曲子一起變大聲變小聲。現在這個軟體,因為可以把一首曲子裡面每個音符,一個音符一個音符拆解開來,即使是同一個拍子出來的三個音符,也能夠拆解開來,因此就像上面那張圖一樣,變成一個二維的平面,橫軸是時間軸,縱軸是聲音高低,每一個音符的聲波拆解後就在平面上一個角落確定下來,等待使用者進一步編輯每一個音符。
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